O OSX precisa adivinhar qual monitor é qual, já que as informações do EDID são as mesmas para os dois (salve o número de série, presumivelmente, mas o OSX não parece prestar atenção nisso). Geralmente, ele tenta definir as coisas para a configuração anterior, observando como os dispositivos estão conectados na árvore de conexões; no entanto, com o Thunderbolt, a árvore de conexões não é tão simples quanto era com a porta de exibição e o USB.
Você deve conseguir resolver isso conectando um monitor de cada vez (por exemplo, desconecte a conexão de trovão do terceiro monitor, conecte o segundo e, em seguida, conecte o terceiro novamente). No entanto, isso não é o ideal, especialmente porque todos os seus aplicativos retornam ao monitor principal, e não como você os configurou anteriormente.
Quando a Apple lança uma atualização da tela de trovão, anexar um dos antigos e um dos novos também deve resolver o problema - eles não parecerão o "mesmo" dispositivo e, portanto, o OSX terá mais facilidade em manter faixa de qual é qual.
Até que isso aconteça, outra coisa que você pode tentar é conectar o terceiro com um cabo de extensão de raio. É um dispositivo ativo e pode alterar a árvore de conexões o suficiente para que o OSX tenha mais facilidade para acompanhar.
Se isso não ajudar, sua melhor aposta será esperar até que eles atualizem a exibição do raio e atualizem apenas um deles quando o fizerem.