Estou usando o aplicativo de visualização para visualizar e anotar arquivos PDF há um bom tempo. Você pode usar Shift-Command-A para exibir a barra de ferramentas Anotações. Em seguida, você pode selecionar a ferramenta Destaque e escolher uma cor (como amarelo para uma cor de destaque padrão).
Estranhamente, o realce tende a ficar mais claro depois que eu salvo e reabra um arquivo e não consigo entender o porquê. Pode ser que o realce fique mais claro a cada Salvar repetido do documento PDF ou que os realces mais antigos estejam ficando mais claros por algum motivo.
Em outras palavras, os novos destaques que eu crio parecem bem. E mesmo depois de salvar o documento, eles parecem estar bem. Mas se eu olhar para o realce que fiz ontem no mesmo documento (com exatamente as mesmas configurações), esses realces estarão em um tom de amarelo muito mais claro. Isso é meio que derrotar o propósito de destacar o texto, pois mal posso dizer que o fiz.
Acho que isso só acontece no OS X Lion e pode ser um subproduto de algumas das novas funcionalidades de salvamento. Se houver uma opção para desativar "Realçar ... um ... relâmpago", não hesite em me avisar. Também aceitarei recomendações de um método melhor para anotar arquivos PDF com mais eficiência.