Não, o Windows não oferece suporte ao FileVault (portanto, não inicializaria se fosse criptografado assim!) A opção do Windows seria o BitLocker.
(talvez seja mais correto dizer que o FileVault não suporta nada além das partições do Mac OS Extended (Journaled))
Se você precisar de uma ferramenta de criptografia excelente, gratuita, multiplataforma e de código aberto, confira o VeraCrypt .
Você pode usar o FileVault na partição do Mac OS X e o BitLocker na partição do Boot Camp Windows ao mesmo tempo?
Teoricamente, deveria estar bem, mas não acho que o faria por duas razões.
Existem algumas menções (se você pesquisar no google) da partição do Boot Camp que falham ao inicializar se o FileVault não estiver ativado de uma maneira muito específica. Isso pode ser do início do FileVault e tudo pode ficar bem agora, mas isso me deixa nervoso o suficiente. Se você fizer isso, clone sua unidade primeiro.
É realmente útil poder compartilhar informações entre sistemas operacionais. Se os dois foram criptografados usando um método, o outro não pode lidar com você, perdendo essa capacidade. No entanto, se você usar o VeraCrypt, poderá hospedar um arquivo de partição no sistema operacional e acessá-lo de ambos e montá-lo conforme necessário - além de fazer backup, arquivar etc. Se estiver preocupado com a força da criptografia, o VeraCrypt é também a melhor opção, pois você pode configurá-lo para uma segurança verdadeiramente paranóica. Também gosto do pensamento de que os especialistas em criptografia são capazes de olhar para a fonte e já teriam anunciado a informação se ela alegasse ser algo que não era.