AppCleaner todo o caminho. A grande maioria dos aplicativos no Mac é independente, e é por isso que não existe um método de desinstalação embutido no Mac OS X. A única exceção é os arquivos simples - essencialmente apenas as preferências do aplicativo. Esses são pequenos arquivos de texto e geralmente são irrelevantes se deixados para trás quando você remove um aplicativo. (Deixá-los também preserva as preferências do aplicativo, se você decidir reinstalar o aplicativo posteriormente.)
Aplicativos como o AppCleaner destinam-se a puristas que desejam realmente remover todos os últimos bits de um aplicativo quando o desinstalam (nada contra os puristas - no entanto, eu entro nesse campo). Como todos esses aplicativos fazem principalmente para procurar esses arquivos perdidos, pagar por um aplicativo como o AppZapper é um pouco ridículo. O AppCleaner é gratuito e faz o trabalho perfeitamente.
Como alternativa, o aplicativo de automação Hazel localiza automaticamente os arquivos relacionados quando você exclui um aplicativo e pergunta se você deseja removê-los também. Não é gratuito, mas é altamente útil para um grande número de outras finalidades; portanto, se você quiser obter os outros recursos que fornece, você pode matar dois coelhos com um aplicativo, por assim dizer.