Quando você conectar seu iPhone ao computador e executar o iTunes, clique no seu iPhone em Dispositivos à esquerda. Em seguida, clique em Aplicativos nas guias na parte superior. Isso mostrará as várias telas de aplicativos no seu iPhone e também uma lista de todos os aplicativos instalados como uma lista de rolagem.
Você pode marcar e desmarcar os aplicativos que deseja sincronizar com o iPhone na lista de rolagem. Você pode mover os aplicativos para o arranjo que deseja nas telas virtuais.
Quando tudo estiver como você deseja, clique em Sincronizar no canto inferior direito do iTunes.
Você não deveria ter que fazer isso sempre (eu não) e as coisas devem permanecer as mesmas agora. À medida que você adiciona novos aplicativos no iPhone, eles vão para a última tela por padrão. Você ainda precisará arrastá-los para onde desejar após o download.