Não tenho certeza de que sigo o seu raciocínio: ter "dois IDs da Apple conectados ao mesmo tempo" não resolve o problema de compras que ocorrem no contexto de um ID da Apple - não há como comprar um aplicativo com dois IDs diferentes sem que as duas contas sejam cobradas. (Por favor, explique se estou entendendo mal o que você está perguntando :))
No entanto, em vários dispositivos, você pode usar um único ID Apple para comprar e separar IDs Apple para o iCloud, se desejar uma fonte de compras, mas fontes separadas de dados / backups em cada dispositivo.
As configurações são distintas: no iOS, você escolhe o ID da Apple usado com a iTunes Store em Configurações> Loja e para o iCloud em Configurações> iCloud.
Assim, por exemplo, você pode usar sua conta para a loja e fazer compras em cada um de seus dispositivos.
Dito isso, não há uma maneira fácil de usar contas separadas com o iCloud em um dispositivo, pois a configuração do dispositivo para usar a conta nº 2 prejudicará os dados da conta nº 1, dificultando o compartilhamento realmente de um único dispositivo iOS, a menos que você não se preocupam em separar seus contatos, Photo Stream, etc.