No seu .bashrc (ou onde quer que você mantenha os parâmetros do seu shell), tente adicionar um alias que mude o comportamento do rm para mover coisas para ~ / .Trash, como em:
alias rm='move/to/.Trash'
Esse alias se está longe de ser trivial de implementar (pelo menos para mim), porque o uso do mv (o principal candidato a ser usado para este trabalho) é
mv file where
portanto, ter um alias que coloca a parte 'where' na frente do arquivo a ser movido pode ser bastante superficial. Vou investigar e obter conselhos mais substanciais.
Edição: Eu apenas tentei adicionar o seguinte ao meu .bashrc, e ele funciona:
function trash { mv "$@" ~/.Trash ; }
É muito mais primitivo do que outras sugestões, mas você evita instalar coisas novas.