Esse é um bom problema geral e mostra quantas opções os desenvolvedores estão tentando ver qual é o melhor para eles.
Existem algumas dores de cabeça reais envolvidas no desenvolvedor e no back-end (do lado da loja) se a Apple permitir preços de atualização, então eu não faria nenhuma compra assumindo que uma mudança ocorrerá em breve ou sempre.
Eu sempre envolvia o desenvolvedor (Panic no seu caso) para ver o que eles dizem sobre os méritos de um download direto e o modelo da loja de aplicativos. Como outros respondentes apontaram - a App Store impõe muitas restrições a um aplicativo em termos de necessidade de assinatura (para o gatekeeper), não sendo possível executar com permissões de administrador e ter de conviver com restrições de segurança da área restrita. Por outro lado, os aplicativos da Mac App Store poderão usar a sincronização de documentos do iCloud exclusivamente e, com o tempo, mais benefícios exclusivos podem surgir para tornar esses aplicativos preferíveis a você.
A melhor solução que eu já vi é o MarsEdit, onde você pode comprar o programa diretamente no site do autor ou na loja pelo mesmo preço. No entanto, no interesse de obter algumas correções de bugs para os usuários finais antes que a Apple possa analisá-los, a versão do aplicativo da loja de aplicativos também permite que você execute as versões baixadas dos aplicativos sem precisar de uma licença separada.
Nem todos os desenvolvedores fizeram esse nível de interoperabilidade, assim como sua pesquisa antes de assumir que você pode alternar entre eles. Até o momento, não conheço nenhum aplicativo que tenha permitido a conversão de compradores anteriores no aplicativo pago, além de anunciar um curto período de venda em que o aplicativo é oferecido com desconto ou gratuitamente para todos os que desejam comprar no aplicativo Loja.
O modelo do Panic de pré-anunciar a venda e pré-anunciar os preços e durações com desconto permite que novos usuários se beneficiem de um preço reduzido, além de acomodar usuários que possam estar em um cenário de "atualização" sem poder integrar esse preço de atualização, mantendo o preço total para quem não faz upgrade.
No final, é sobre como você prefere ter seu software licenciado. O modelo padrão da Mac App Store às vezes é mais branda no número de cópias pessoais, mas não é tão flexível para negociar em massa ou atualizar preços especiais em um momento de compra arbitrário.