Extraído da página de suporte da Apple:
Clicar em Apagar e sincronizar excluirá qualquer conteúdo existente atualmente no seu dispositivo. O conteúdo será substituído por qualquer conteúdo existente na biblioteca atual do iTunes à qual seu dispositivo está conectado. Se não houver conteúdo na biblioteca do iTunes, nada será sincronizado com o seu dispositivo e ele estará vazio.
O iTunes começará a copiar todas as compras feitas em qualquer conta para a qual o computador esteja autorizado.
Bem, se você deseja sincronizar com um novo computador ou transferir suas compras para um computador, é esse o caminho. E para o vago, parece bastante claro:
Apagar e sincronizar substitui o conteúdo deste iPhone pelo conteúdo desta biblioteca do iTunes.
Mas continua sendo meio assustador.