Não sei ao certo o que é "clique do meio", parece algum utilitário de terceiros; portanto, até que saibamos o que você quer dizer com isso e o que deve fazer, não posso realmente ajudar nessa frente.
Uma coisa que eu diria é que existe uma diferença entre um toque de três dedos e um toque triplo. A maioria das pessoas significaria que um toque triplo significa tocar três vezes, da mesma forma que clicar duas vezes significa clicar duas vezes. Para maior clareza, tenho certeza de que você quer dizer um toque de três dedos (os três dedos de uma só vez com um toque) - é um ponto menor, mas ajudará você a definir melhor o problema.
Se, depois de desativar o recurso de pesquisa com três dedos na resposta de Daniel Lawson, isso interromper a pesquisa no dicionário, mas não permitir que o utilitário MiddleClick o use, é possível sugerir que ele simplesmente não é compatível com o Mountain Lion, e eu o faria verifique com o desenvolvedor o suporte.