Sim. A menos que você compre os aplicativos pela App Store, eles não serão aplicativos oficiais da App Store. Significa não reinstalar, se necessário, não instalar em outros Macs, etc. E você não receberá atualizações pela App Store, receberá atualizações através da Atualização de Software (que pode ser encontrada em Preferências do Sistema).
No entanto, se / quando você atualizar para o Mountain Lion, lançado na semana passada, a Atualização de Software foi integrada à App Store. Portanto, todo o seu software Apple, independentemente de ter sido comprado ou não na App Store, é atualizado em um só lugar.