Eu tive um problema semelhante, no entanto, só queria usar aplicativos MacPorts de terceiros (uma alternativa ao Homebrew ) em que não houvesse versão nativa da Apple no sistema.
Para impedir que os aplicativos MacPorts sejam usados preferencialmente em relação aos aplicativos nativos da APPLE, modifiquei meu $ PATH:vi ~/.profile
# Original PATH which favoured MacPorts Commented-out
#export PATH="/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH"
# Modified path prepending "/usr/bin" in front ensuring native apps favoured
export PATH="/usr/bin:/opt/local/bin:/opt/local/sbin:$PATH"
Usando esta configuração PATH, somente se um aplicativo Apple nativo não for encontrado, o caminho MacPorts será consultado.
ANTES DO CAMINHO MODIFICADO: O VIM padrão é MacPorts
Terrences-MacBook-Pro:pi-ap terrence$ which vim
/opt/local/bin/vim
APÓS O CAMINHO MODIFICADO: O VIM padrão é a versão da Apple
Terrences-MacBook-Pro:pi-ap terrence$ which vim
/usr/bin/vim
Se você deseja que os aplicativos Homebrew de terceiros sejam padrão quando houver alternativas em outros caminhos, verifique se o caminho do Homebrew os precede em seu CAMINHO.
Trabalhei no meu caso de uso, mas pode não ser o ideal para casos de uso alternativos.
Lembre-se de sair depois de alterar seu .profile para que as novas alterações PATH sejam efetivas-