Embora, pela minha experiência, esse bug pareça ter sido resolvido desde o OS X Mountain Lion, pode ser que o banco de dados do Launch Pad já esteja corrompido durante a atualização, e a atualização não necessariamente o repara.
Você pode tentar reconstruir seu banco de dados e ver se isso resolve o seu problema, mas observe que isso removerá completamente o pedido e o agrupamento atuais de aplicativos no Launchpad.
Para remover / reconstruir o banco de dados, você pode executar este comando no Terminal:
rm ~/Library/Application\ Support/Dock/*.db; killall Dock