Essa é uma pergunta antiga, mas, para o caso de alguém tropeçar nela e se preocupar especificamente com as implicações de privacidade do Notification Center, a resposta é SIM, o OS X mantém um log de notificações no disco.
O formato é um banco de dados sqlite e pode ser encontrado dentro desta pasta:
~/Library/Application Support/NotificationCenter
Dentro de você encontrará pelo menos um arquivo .db para sua conta, eu já vi alguns que o OS X aparentemente considerou corruptos em um ponto, então eles são chamados .db.corrupt.
A execução do comando strings nesse arquivo mostrará uma carga de dados binários, alguns nomes de classe "NSSomething" e, sim, suas iMessages, caminhos de arquivo, notificações do twitter e do facebook e tudo o mais que foi enviado ao Centro de Notificação por um aplicativo ou o sistema.
Se você quiser se livrar desse arquivo em um momento específico, pode matar as notas de usuário temporariamente (ele será reiniciado) e excluir o arquivo de uma só vez (execute isso como sua conta de usuário, não com o sudo):
killall usernoted && rm ~/Library/Application\ Support/NotificationCenter/*.db
Isso, em 99% do tempo, capturará as notas de usuário enquanto não estiver em execução temporariamente, excluirá com êxito o banco de dados antigo e as anotações de usuário tornarão um novo vazio quando reiniciar.
Esta não é uma boa solução se você estiver realmente preocupado com a privacidade, mas além de criptografar o sistema ou usar um ramdisk para essa pasta, realmente não há uma solução.
~/Library
. Na minha máquina está$TMPDIR/../0/com.apple.notificationcenter/db/db