Como solução alternativa, encontrei o seguinte:
Anote com Preview ou GoodReader. No iPad, o GoodReader pode extrair o texto das anotações quando você seleciona 'visualizar resumo'. Este resumo pode ser salvo como um arquivo txt.
[ Atualização : O GoodReader parece ter removido 'exibir resumo' no formato .txt por algum motivo insondável. Uma solução alternativa (pelo menos para mim) é usar o serviço gratuito Enviar para DropBox . Você simplesmente seleciona 'resumo do email' e as anotações aparecem em uma mensagem de email. Envie isso para o seu endereço de email Enviar para o DropBox e você terá um arquivo .txt com suas anotações. De várias maneiras, se você usar o DropBox, isso é mais fácil, pois elimina a etapa de upload do arquivo .txt]
No OS X, baixei o Skim . Posso abrir uma cópia de um PDF anotado no Preview ou GoodReader e, em seguida, converter as anotações no formato .skim selecionando arquivo> converter notas. Feito isso, posso selecionar arquivo> exportar e há uma opção para exportar notas como um arquivo txt.
Se alguém puder encontrar uma solução mais elegante, eu ficaria muito interessado em ouvi-la.