Respostas:
Na caixa de diálogo Imprimir, escolha o botão PDF, Abrir PDF na visualização.
A cópia temporária parece desaparecer quando fechada, como você gostaria; e tem o mesmo nome e localidade que o original. Se você marcar a nova cópia, ela cria uma duplicata com o novo nome e você escolhe salvar ou não.
Abrir o primeiro regularmente e, em seguida, usar o opencomando, com a -nopção, deve fazer o truque.
Para fazer isso apenas:
open -ne arraste o arquivo para a janela Terminal. O caminho completo do arquivo aparecerá após o que você digitou.A -nopção abre uma nova instância do aplicativo (nesse caso, a padrão, como nenhuma outra é especificada), mesmo se uma já estiver em execução.
Cmd+c, abra o Terminal, gravação open -n e pressione Cmd+vpara colar o caminho
O Skim possui itens de menu para marcar uma página e voltar para uma página marcada. Você pode atribuir atalhos a eles nas Preferências do Sistema.

Uma outra solução seria usar o navegador para abrir o arquivo PDF. Para mim, é comum usar o chrome para ler um PDF quando quero duas instâncias do arquivo. Eu também acredito que é mais rápido pesquisar uma palavra em um arquivo PDF grande usando o navegador do que o software PDF.
A combinação de Copiar e Novo da área de transferência permite abrir qualquer parte do PDF em uma nova janela (com a ressalva de que não é uma visualização no sentido de que as modificações não se propagam para o documento original). Use a seleção retangular para selecionar a parte do PDF desejada em uma janela separada, por exemplo, uma figura ou gráfico, ou selecione uma página inteira e pressione command-c- command-n.