Esta é uma resposta parcial, referente ao problema do wifi. Ao reler a pergunta, entendo que o dispositivo também pode não aparecer quando conectado via USB. Estou esperando mais informações do OP antes de resolver isso. Enquanto isso, isso será útil para aqueles que sofrem do problema de sincronização de wifi e pode resolver o problema dos OPs:
O iTunes não vê o (s) dispositivo (s) iOS é um problema bastante comum e irritante com a sincronização de wifi. Não tenho certeza se é um bug verdadeiro ou se há um conflito de sistema em determinados ambientes.
Primeiro, você absolutamente não precisa alterar toda a configuração do iTunes.
Geralmente, você pode fazer com que o iTunes reconheça os dispositivos ausentes, abrindo o Activity Monitor (Mac OS) ou o Gerenciador de tarefas (Windows) e eliminando o serviço AppleMobileDeviceHelper . Nota: você não deseja desmarcar (remover) o serviço no Windows, apenas deseja matá-lo ou reiniciá-lo.
Se isso não funcionar, você pode conectar o dispositivo ao computador e usar o iTunes para desativar e reativar a sincronização por wifi. Você precisa aplicar as alterações para ambas as ações - basta clicar na caixa de seleção duas vezes seguidas não.
Nenhuma dessas soluções é permanente, embora às vezes eu possa passar meses sem uma recorrência.
Referências:
Base de conhecimento da Apple: iTunes 10.5 e posterior: Solução de problemas na sincronização de Wi-Fi do iTunes
OS X diário: a sincronização de Wi-Fi não está funcionando? Veja como corrigi-lo para todos os dispositivos iOS