Você pode fazer isso simplesmente com o Adobe Acrobat Professional . Testei isso com o Acrobat Professional versão 8.3.1 no meu sistema Mac OS X 10.5.8.
Escolha um dos arquivos anotados para agregar os comentários. Abra-o com o Adobe Acrobat Professional. Para cada um dos outros arquivos, selecione o comando de menu Comentários ... Importar Comentários ... e, na caixa de diálogo resultante Abrir arquivo, selecione cada um dos outros arquivos sucessivamente. O Acrobat lerá os comentários do arquivo selecionado e os colocará no primeiro arquivo. Uma Lista de comentários é aberta na parte inferior da janela, mostrando todos os comentários no documento.
Agora você tem um arquivo PDF com todos os comentários. Salve-o com um nome de arquivo diferente e continue com seu trabalho.
Observe que você facilita muito o Acrobat se todos marcarem o mesmo arquivo PDF. O Acrobat pode importar comentários de uma versão de um documento para uma versão diferente de um documento, mas nem sempre os comentários acabam no lugar certo. O comando de menu Comentários ... Migrar comentários ... tem como objetivo ajudá-lo a obter comentários do formulário PDF de um documento mais antigo para o formato PDF de uma revisão mais recente.
O conteúdo da Ajuda do Acrobat possui entradas úteis para Importar comentários .
Na minha humilde opinião, todo profissional do conhecimento que toca em arquivos PDF deve ter uma cópia do Acrobat Professional (não apenas o Reader gratuito). Posso ser tendencioso - trabalhei na Adobe por muitos anos e ainda mantenho o estoque deles. Mas acredito que ser capaz de realizar operações como importar e combinar comentários é extremamente valioso para os profissionais do conhecimento.
merge pdf sticky notes
fornece alguns resultados. Não sei se é útil para você, pois não a examinei detalhadamente. Aqui está um link para um resultado que me pareceu útil.