As preferências de skim têm uma opção para "Salvar backups de notas de skim automaticamente", que eu recomendo que você ative. Isso cria um arquivo .skim ao lado do PDF. O Skim ainda salva anotações nos atributos estendidos, mas eu os vi desaparecerem após a sincronização com o Dropbox. Não deveria, mas foi o que aconteceu. Portanto, eu sempre mantenho um backup de anotações no arquivo complementar .skim.
A grande vantagem do Skim sobre o Preview e todos os outros aplicativos de anotação em PDF são salvos rapidamente. Isso é possível apenas porque o Skim mantém as anotações separadas do conteúdo em PDF. O formato PDF é tal que adicionar uma anotação a uma página PDF exige a reescrita de todo o PDF em disco, o que pode ser bastante lento. O Skim evita essa desvantagem de maneira elegante porque não reescreve o PDF, apenas os atributos estendidos.
Portanto, ative a opção de backups e continue usando o CMD S no Skim para salvar seu trabalho. Se os atributos estendidos forem eliminados, quando você iniciar o PDF no Skim, ele detectará o arquivo .skim e oferecerá carregá-lo e você poderá continuar seu trabalho.
Dica: o DevonThink suporta anotações do Skim nativamente. Portanto, se encontrar um arquivo .skim ou atributos estendidos para o arquivo PDF que você está visualizando no DevonThink, também mostrará as anotações. Isso evita a necessidade de exportar um PDF com notas incorporadas do Skim, o que é necessário para outros aplicativos exibirem as anotações feitas no Skim. (O Skim fornece um SDK gratuito para o formato de anotações, para que outros visualizadores de PDF também possam suportar anotações de skim.)