Isso é algo com o qual estive (e ainda estou) tremendamente incomodado e gastei um tempo considerável para encontrar algo que funcione como eu gostaria e que não interfira na miríade de atalhos já existentes no SO X.
Fiquei bastante parcial usando o cmd+ alt+ ctrl+ some keycombo por um longo tempo, e ele funciona muito bem em geral. Mas, se você quer algo quase à prova de balas e procura aumentar seu crédito de nerd de uma só vez, dê uma olhada neste post de Brett Terpstra, o cara por trás do nvAlt , entre outras coisas. Ele o orienta na substituição da sua Caps Lockchave pelo combo cmd+ alt+ ctrl+ shift, para que você possa fazer um combo de 5 teclas ( Caps Lock+ some key) com 2 teclas, o que é incrível. Esse método fornece a você um teclado inteiro, com atalhos que não são usados por nenhum aplicativo.
PS: Veja a seção de comentários da postagem do blog para desativar a escfuncionalidade.