Acredito que o comportamento padrão do Safari é abrir um link na janela aberta mais antiga. Janelas minimizadas tendem a envelhecer, daí o incômodo do Safari de exibir janelas minimizadas ao abrir um link de outro aplicativo.
Você pode facilmente testar isso. Espere que isso aconteça. Em seguida, re-minimize a janela. O comportamento deve ser repetido infinitamente. Em seguida, copie o URL da janela que você deseja minimizar e feche essa janela. Abra uma nova janela, cole o URL, pressione Enter e minimize-o. Em seguida, abra o link externo e ele não irá mais para essa janela.
Claro que isso não ajuda - apenas explica o comportamento. A única coisa que pode eventualmente ajudar é arquivar um relatório de erro:
http://www.apple.com/feedback/safari.html