As ferramentas de linha de comando são instaladas como outros pacotes do OS X, portanto, você pode precisar excluir o arquivo de recebimento do banco de dados de recibos (que costumava ser trivial, pois era possível excluir o arquivo de / Library / Receipts, mas agora é mais complicado e precisa de um artigo curto no banco de dados de recibos).
Em vez de mexer com isso, por que não baixar o instalador autônomo e aguardar uma nova versão do Xcode para limpar seu banco de dados de recibos?
Esse URL é bastante aberto (mesmo os mecanismos de pesquisa podem indexá-lo), mas você pode precisar criar uma conta de desenvolvedor gratuita do Safari ou Mac grátis para fazer login e obter este pacote.
Se isso acontecesse comigo, eu simplesmente mudaria meu Time Machine para excluir arquivos do sistema e depois instalaria um novo sistema operacional em um volume sobressalente. Eu faria um usuário administrador não solicitado que excluiria e usaria esse usuário para instalar o Xcode e as ferramentas de linha de comando e, finalmente, restaurar a partir do Time Machine. Enquanto tudo funcionasse, eu o clonaria na unidade principal ou repetiria o processo de limpeza / reinstalação - o que for mais fácil para você executar.