Respostas:
Qualquer uma das portas pode ser usada para programação, mas a porta USB nativa permite fazer outras coisas:
Também permite que o Due emule um mouse ou teclado USB em um computador conectado. Para usar esses recursos, consulte as páginas de referência da biblioteca Mouse e teclado .
A porta USB nativa também pode atuar como um host USB para periféricos conectados, como mouses, teclados e smartphones. Para usar esses recursos, consulte as páginas de referência do USBHost . http://arduino.cc/en/Main/arduinoBoardDue
Assim, você pode usar o Devido à interface com dispositivos USB ou conectá-lo ao seu computador e fazer com que ele atue como um dispositivo USB.