Você pode abrir duas janelas IDE do Arduino e usar Ferramentas / Placa para definir cada uma delas para um dos dois tipos de placas que você está programando. Ou seja, você pode ter várias janelas IDE abertas, com diferentes opções selecionadas em cada uma. Programei um dispositivo Uno e Nano com o mesmo programa em duas janelas diferentes simultaneamente (ou seja, luzes RX piscando nas duas placas ao mesmo tempo) sem problemas.
Você pode usar um cabo USB e uma porta, ou pode usar um cabo USB separado para cada janela. Pode ser necessário usar Ferramentas / Porta ocasionalmente, se o número da porta for alterado quando você recuperar coisas.
Eu tenho a opção de editor externo selecionada. O texto em cada janela do Arduino IDE é atualizado quando clico em Verificar ou Carregar, em vez de cada vez que salvo o arquivo no emacs. Não sei como funciona se você não estiver usando um editor externo e tiver o mesmo arquivo aberto em duas janelas do IDE.