Ignorando completamente os efeitos relativísticos, depende do quadro de referência que você está usando; a energia "ausente" é vista como energia cinética no átomo emissor ou receptor como recuo, dependendo de qual deles você vê em movimento. A energia não é conservada entre os quadros de referência.
Se estou viajando a uma velocidade distante de você e emito um fóton que observo ter uma frequência f , assumirei que o fóton tem uma energia E = hf, onde h é a constante de Planck. Nunca observarei uma energia diferente para esse fóton - no meu referencial, a energia é conservada. Você, no entanto, observará uma frequência diferente f e, portanto, uma energia diferente E. Essa energia permanece constante para você - a energia é conservada em seu quadro de referência - mas a energia que observo e a energia que você observa diferem - a energia não é conservada entre nossos quadros de referência; isto é, a energia é conservada, mas não invariável
Considere - eu dirijo você parado em um carro e jogo uma bola de tênis para você. Na minha perspectiva, a bola de tênis tem maior energia cinética (está se movendo na minha velocidade, mais a velocidade da bola) do que na sua perspectiva. A energia também não é invariável nesta circunstância!