Existem algumas peculiaridades da órbita de Plutão. Esses são:
Sua alta excentricidade orbital (e = 0,25) faz com que o periélio de Plutão seja um pouco menor do que o periélio de Netuno.
Plutão tem uma ressonância orbital com Netuno. Seu período orbital é exatamente 3/2 do de Netuno. Essa ressonância orbital é a causa de sua excentricidade orbital que você pergunta.
Plutão tem uma inclinação orbital de 17 graus em relação à eclíptica. Ninguém sabe o porquê, só podemos adivinhar.
A origem da excentricidade de Plutão explicou:
Durante os estágios posteriores da formação do planeta, nesse sistema solar inicial, os planetas ainda estavam se formando. Netuno trocou momento angular com os planetesimais restantes e sua órbita se expandiu para fora. Se Plutão estivesse em uma órbita quase circular maior que a de Netuno (cerca de 33 UA ), há uma grande chance de Netuno capturar Plutão e bloquear uma ressonância orbital (isso provavelmente aconteceu quando Netuno estava com cerca de 25 UA). Como a órbita de Netuno continuou a se expandir para fora, essa expansão atraiu a excentricidade da órbita de Plutão.
Fonte e leituras adicionais: A origem da órbita de Plutão: implicações para o sistema solar além de Netuno