A contagem de material é apenas uma parte da avaliação de uma posição. O Stockfish considera o espaço, a mobilidade e a atividade das peças, a segurança do rei, etc.
Tudo isso produz uma avaliação da posição e, para esse SF, a classifica (usando LiChess) como cerca de +2,2 (profundidade 31).
Observo que, antes do seu saco de cavaleiro, Stockfish pensa que você já tinha caído cerca de 1,2, apesar do material aproximadamente igual. Aquele bispo em h6 que controla seus quadrados escuros enfraquecidos, por exemplo, vale claramente mais do que seu cavaleiro.
Quanto à sua decisão de sacar o cavaleiro, do ponto de vista prático, parece uma escolha razoável em uma situação ruim, porque se você simplesmente mudar sua rainha para e6 ou e5, como SF sugere, o branco tem um plano claro e natural de f4 seguido por eventualmente abrir esse arquivo, e suas torres desajeitadas não serão defensores ágeis.
SF sugere para as brancas um b6 imediato após a sua rainha enfrentar c4, e com isso você não terá a tempestade de peões como no jogo. As brancas terão uma linha aberta para invadir com suas gralhas (qual delas depende da sua reação ao b6) e sua peça extra dirá.