Usando stockfish_8_x64 com o Arena 3.5.1, vejo uma escolha estranha do Stockfish. Começa aqui:
Branco, Stockfish, para se mover. Joga bb6-g1, perdendo o bispo e a vitória.
Também estranho: o mesmo mecanismo não faz essa jogada estranha no programa Tarrasch. Jogando com o KBN contra o K, vi o Stockfish perder a vantagem nessas configurações de final de jogo.
Alguma pista de como isso poderia estar acontecendo ou por que isso aconteceria apenas com o Arena?
EDIT: resposta SmallChess está correta. O problema era um valor residual diferente de zero na configuração da posição "número de meios movimentos". Veja minha resposta à postagem dele para obter mais informações.