Em resumo: sim. É uma maneira educada de reconhecer um jogo agradável.
"Bom jogo" não é o mesmo que dizer "jogo bem jogado".
Dizer "bom jogo" significa apenas que você gostou de jogar. Você poderia ter gostado por vários motivos. Por exemplo, pode significar algo tão simples como "obrigado por ser educado e não empacotar ou oferecer empates a partir de posições que perdem muito" ou "não ser ad *** quando você perdeu".
Pode até significar "sim, eu claramente ganhei, mas você me manteve na ponta dos pés".
"Bom jogo" não implica que o oponente tenha jogado bem de maneira alguma e é a maneira educada normal de agradecer a uma pessoa pelo seu tempo. Se a pessoa é grosseira com você, ou desagradável, então você provavelmente não sentiria o desejo de dizer "bom jogo", não importa o quão bem ela jogasse.