Eu estava prestes a gastar algum tempo pesquisando isso, mas percebi que alguém já deveria ter investigado; caso contrário, posso responder minha própria pergunta em algumas horas.
O Scid está atrelando a um núcleo da CPU, possivelmente tentando acompanhar a entrada do Stockfish? O Stockfish está usando 0% da CPU, possivelmente bloqueando a saída do Scid. É exatamente isso que suspeito que esteja acontecendo - não confirmei. De qualquer forma, o bacalhau leva um ou dois minutos para chegar a duas profundidades na análise - geralmente depois de alguns segundos, tenho pelo menos 15 profundidades, por isso é uma ordem de magnitude mais lenta.
Não alterei nenhuma das minhas configurações de UCI, apenas atualizei o executável. A mesma coisa acontece no Mac e no Windows, por isso provavelmente não é específico da plataforma, mas algo relacionado à interface UCI?
Eu tenho o tamanho do hash definido como 1024MB, "use threads adormecidos" = true, e várias variações são bastante altas (100 ou mais), para ver todas as variações marcadas e pesquisadas, o que ajuda na análise mesmo que diminua a velocidade da pesquisa em profundidade. O restante das configurações é padrão (tenho certeza).