Scid é o que eu uso. É compilado em um aplicativo nativo . Parece funcionar bastante bem para esse fim, embora o Stockfish 2.2.2 esteja agindo de forma estranha, você pode tentar o 2.1.1 se tiver problemas. Na verdade, eu escrevi um howto , mesmo que seja bastante simples.
Recentemente, eu estive executando o Stockfish com várias variações de até 100, por isso, ele analisa todos os movimentos profundamente, o que você não gostaria de fazer durante um jogo, mas, para a análise que você planeja executar por um longo tempo, é preciso movimentos improváveis bons anteriormente.