Atualmente, estou escrevendo minha proposta de doutorado, que trata de encontrar maneiras de aplicar a teoria da complexidade parametrizada, principalmente decomposições de árvores, a problemas realistas de otimização de rede. Mas pretendo trabalhar principalmente com o Steiner Tree, não em último lugar, porque é simples e há muitos papéis / referências disponíveis.
Tropecei nessa questão porque também tenho dificuldade em encontrar motivações práticas para estudá-la. Eu acho que sua relevância prática é mais facilmente motivada pela enorme quantidade de problemas de otimização que são generalizações do STP de baunilha, mas são mais flexíveis. Há uma boa lista aqui: http://theory.cs.uni-bonn.de/info5/steinerkompendium/netcompendium.pdf
Eu acho que alguns dos problemas mencionados com as árvores filogenéticas podem ser formulados diretamente como STP, mas eu não li os artigos completamente.
Esse algoritmo para localização de instalação conectada e aluguel ou compra de fonte única também é interessante: http://sma.epfl.ch/~eisenbra/Publications/jcss08cfl_final.pdf
Embora não seja diretamente modelado como STP, as soluções para esses problemas têm uma O núcleo que é uma árvore de Steiner e o algoritmo utilizam um algo de aproximação STP diretamente para resolver essa parte.
Também sobre heurísticas para o STP, você pode estar interessado nesta página: http://dimacs11.cs.princeton.edu/workshop.html
Existem alguns novos algoritmos competitivos que foram apresentados lá.
Edit: Você também pode dar uma olhada neste livro de William Cook:
Em busca do vendedor ambulante
É sobre o TSP, mas esse é igualmente teórico. O Capítulo 3 contém realmente uma carga de usos práticos concretos, não apenas o tour trivial que encontra coisas, mas problemas inesperados que podem ser resolvidos com a solução de um TSP, incluindo alguns problemas de biologia, como mencionei. Parte do motivo da aplicabilidade parece ser o fato de haver um solucionador de TSP muito poderoso e acessível por aí, tornando conveniente reformular os problemas de design como TSP. Achei realmente inspirador, pois acho que o mesmo tipo de aplicativos pode ser encontrado para o STP (mas não existe um solucionador de 'padrão do setor' para ele, para que isso não aconteça na realidade). Parte do capítulo é gratuita nos livros do Google, embora eu recomende que você compre a versão completa, pois alguns dos melhores exemplos são deixados de fora.