Como as outras respostas observam, você é perfeitamente livre para considerar (ou excluir da consideração) gráficos ponderados com arestas de peso zero.
Dito isto, na minha experiência, a convenção usual na maioria das aplicações de gráficos ponderados é não fazer distinção entre uma borda com peso zero e a ausência de uma borda. Uma razão para isso é que, normalmente, os gráficos ponderados aparecem como generalizações de multigráficos , que por sua vez são generalizações de gráficos simples.
Especificamente, um multigráfico é um gráfico que (diferente de um gráfico simples ) permite várias arestas entre o mesmo par de nós. Considerando que, em um gráfico simples, qualquer par de nós sempre é conectado por 0 ou 1 arestas, um par de nós em um multigráfico pode ser conectado por 0, 1, 2, 3 ou mais (mas sempre um número inteiro não negativo de ) arestas.
A generalização de um multigráfico para permitir um número fracionário de arestas entre um par de nós leva naturalmente a considerar gráficos ponderados, e muitos algoritmos que funcionam em multigráficos arbitrários também podem funcionar nesses gráficos ponderados. Mas para tais algoritmos, o "peso" de uma aresta realmente denota sua multiplicidade . Assim, dada essa interpretação, não pode haver distinção significativa entre "sem arestas" e "0 arestas" entre um par de nós: ambos significam exatamente a mesma coisa.
Obviamente, um "gráfico ponderado" por definição é realmente apenas um gráfico com um número associado a cada aresta, e é perfeitamente possível interpretar o peso como algo diferente de multiplicidade, caso em que uma distinção entre nenhuma aresta e um peso zero de fato pode ser significativo. Mas é improvável que tentar aplicar algoritmos multigráficos padrão a esses "gráficos estranhamente ponderados" produza resultados que fariam sentido em termos da interpretação alternativa (não-multiplicidade) dos pesos das arestas.