Apenas para ficar absolutamente claro, a fatoração de número inteiro não é conhecida como intermediária de NP, apenas suspeita-se que seja baseada na falta de prova de completude de NP ou algoritmo de tempo polinomial (apesar de muito trabalho colocado em ambos). Não conheço nenhum problema natural (ou seja, não construído por Ladner para a prova) que seja definitivamente NP intermediário se P e NP forem diferentes.
Ok, depois desse aviso, o isomorfismo gráfico é outro candidato provável a um problema intermediário natural de NP. Há uma simples redução de tempo polinomial para isomorfismo de subgráfico - basta deixar os gráficos iguais! O isomorfismo de gráfico é apenas o caso especial do isomorfismo de subgráfico, em que os dois gráficos têm o mesmo tamanho. O toque final é que o isomorfismo do subgráfico é NP-completo.
Além disso, sempre há, obviamente, a redução não tão informativa prometida pelo Teorema de Cook-Levin , sabíamos que qualquer problema intermediário de NP tem uma Máquina de Turing não determinística no tempo polinomial que decide e podemos convertê-la em uma instância do SAT (basta criar a TM!).