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Você pode usar o seguinte código:
import weka.filters.supervised.instance.SMOTE;
import weka.core.Instances;
import weka.core.converters.ConverterUtils.DataSource;
import weka.filters.Filter;
Instances data = DataSource.read(".../file.arff"); //Dataset
SMOTE smote=new SMOTE(); //create object of SMOTE
smote.setInputFormat(data);
Instances data_smote = Filter.useFilter(data, smote); //Apply SMOTE on Dataset