(Embora eu ache que sua pergunta geralmente não é considerada uma boa pergunta para este site, acho que ela deve ser preservada porque quase todos os novos no campo são igualmente confusos no início e é difícil encontrar informações diretas, sóbrias e equilibradas sobre isso.)
A Web Semântica está morta? As ontologias estão mortas?
Muitas pessoas se afastaram da Web Semântica. Por outro lado, ainda há muitos usando. Sempre houve muita confusão sobre onde está o seu valor. Existem casos de uso que se beneficiam genuinamente das tecnologias semânticas da Web, mas são muito poucas e distantes entre si.
Dados abertos vinculados
É parcialmente por isso que o subcampo do Linked Open Data foi criado. Você pode ver os Dados vinculados como uma versão simplificada mais pragmática da Web Semântica (ou como um facilitador necessário da maior visão da Web semântica).
Os dados vinculados, embora mais pragmáticos, ainda usam ontologias. Não é tão tenso quanto ao uso do OWL e ao design de suas ontologias primeiro e de uma maneira muito formal.
Uma base de conhecimento como o Freebase (agora sendo substituída pelo Wikidata ) nem se baseia nas tecnologias da Web Semântica (ela sempre esteve disponível também na forma de despejos de RDF). Por outro lado, até o Freebase se baseia em conceitos semelhantes aos da Web Semântica e possui uma forma de ontologias.
Software para gerar ontologias
Não há software que crie automaticamente ontologias de alta qualidade para você. Pelo menos não no sentido de OWL / ontologias lógicas de primeira ordem. Por outro lado, muitos tipos de software, incluindo o Cratilo mencionado por você, podem ajudá-lo a criar uma etapa mais baixa no espectro semântico , como um glossário ou talvez até uma folksonomia que possa ser transformada mais tarde em uma taxonomia ou ontologia. outros algoritmos. Pode até haver software para criar ontologias OWL completas, mas acho que ainda é uma área ativa de pesquisa.
Ontologias e metodologias
Como sempre, depende de quais são exatamente suas necessidades e objetivos. Em áreas como biomedicina e ciências da vida em geral, elas criam ontologias formais complexas porque possuem dados com estrutura e ontologias altamente variadas, ajudando-as a manter as coisas organizadas e utilizáveis. Por outro lado, uma loja virtual pode ser melhor seguir a modelagem de banco de dados relacional normal e adicionar apenas identificadores globais (URIs) no espírito dos Dados Vinculados, se desejar criar um gráfico de conhecimento adequado posteriormente.
Mesmo se você precisar de ontologias, poderá ignorar as metodologias primeiro. Especialmente se você é realmente novo em campo e tem pouca ideia de quais são suas necessidades.
Jena, gergelim, ...
Jena, Gergelim, Virtuoso etc. são triplestores - são usados para armazenar e consultar RDF. A maioria das ontologias pode ser representada no RDF. Mesmo aqueles escritos em OWL. O RDF possui a parte semântica, RDF / S, que permite formular algumas ontologias básicas. Isso pode ser o suficiente para começar. Até o RDF / S pode ficar confuso e complicado quando você começa a pensar em nós em branco, gráficos nomeados (eles são fixos? Dinâmicos?) Etc.
Embora eu ache que sua pergunta geralmente não é considerada uma boa pergunta para este site, acho que ela deve ser preservada porque quase todos os novos no campo são igualmente confusos no início e é difícil encontrar informações diretas, sóbrias e equilibradas sobre isto.