Você pode definir a variável innodb_lock_wait_timeout = 100 para o tempo de bloqueio como 100 segundos.
mysql> set innodb_lock_wait_timeout=100;
Query OK, 0 rows affected (0.02 sec)
mysql> show variables like 'innodb_lock_wait_timeout';
+--------------------------+-------+
| Variable_name | Value |
+--------------------------+-------+
| innodb_lock_wait_timeout | 100 |
+--------------------------+-------+
A transação que está com tempo limite, tente bloquear a tabela que é retida por outro processo. e sua variável de tempo limite definida com pouco número de segundos. então mostra erro. Você pode ver mais status pelo comando
SHOW ENGINE INNODB STATUS\G
Você pode ver a lista de tabelas bloqueadas
show open tables where in_use>0;
Agora veja o thread que está usando esta tabela
show full processlist;
agora você pode matar esse segmento ou esperar para concluir.