Um diagrama de ER é apenas uma ferramenta para ajudá-lo no desenvolvimento. Um diagrama de ER nem mesmo por mandato exige que você mostre todas as entidades no sistema.
Portanto, para responder à sua pergunta de uma maneira: é perfeitamente aceitável ter uma entidade em um diagrama que não tenha relação com nenhuma outra entidade. Considere uma tabela de configurações usada por um aplicativo simples para armazenar as configurações do programa. Não precisaria de outras entidades para fazer seu trabalho. Mas ainda seria um objeto que existia no escopo do armazenamento de dados.
Portanto, para responder à sua pergunta por outra rota: Você pode exibir quantos diagramas em seu diagrama de ER são necessários para mostrar as informações que você está tentando representar. Mas se você optar por omitir um relacionamento para fins de clareza, ainda faria sentido anotar que o R é omitido. Pessoalmente, eu faria -{#}
um número dentro dos círculos relacionados para cada entidade, com uma nota de rodapé para esse # na parte inferior da página. Dessa forma, outros leitores não precisarão perguntar se deve haver outra relação.
Esse é o meu valor de US $ 0,05 neste de qualquer maneira. O ponto aqui é que isso é parcialmente uma questão de estilo. Algumas pessoas lhe dirão que você sempre deve colocar os relacionamentos (como, por exemplo, seu chefe pode exigir isso, e isso trunfará sobre meus conselhos). Mas a verdade final é o que está no banco de dados.