Primeiro, pesquise o log de instalação. Na minha instância, estava sob o seguinte caminho:
C:\Program Files\Microsoft SQL Server\100\Setup Bootstrap\Log\*.*
Nesse log, encontrei as seguintes entradas:
2015-08-07 11:16:50 Slp: Sco: Attempting to open registry subkey
2015-08-07 11:16:50 Slp: Sco: Attempting to open registry subkey SOFTWARE\Microsoft\VisualStudio\9.0
2015-08-07 11:16:50 Slp: Sco: Attempting to get registry value InstallDir
2015-08-07 11:16:50 Slp: Target package: "D:\shared\~~~~~\sqlncli.msi"
2015-08-07 11:16:51 Slp: MSI Error: 1316 The specified account already exists.
Localizei o arquivo sqlncli.msi
e abri um prompt de comando para executar este comando:
msiexec /i "d:\[Your sqlncli.msi path]
Desinstalei o SQL Server Native Client e executei a instalação do SQL Server novamente, com êxito.