Respostas:
Instale a instância nomeada, mova os bancos de dados, trabalhos do agente etc. para ela e desinstale a instância padrão agora não utilizada.
A resposta simples é que você não pode. Se você não for usar a instância padrão, desinstale-a. Você pode instalar o SQL Server novamente e criar uma instância nomeada.
Como converter instância nomeada para instância padrão no SQL Server 2012?