Por que você tem 3 bancos de dados com os mesmos usuários?
O que acontece se um banco de dados ficar inativo agora?
Estou fazendo essas perguntas porque o golpe do banco de dados de origem do usuário diminuindo, impedindo o uso dos outros dois bancos de dados, pode não ser tão grande quanto parece.
Além disso, se um banco de dados ficar inativo agora, você já terá problemas de consistência se os usuários forem modificados nos outros dois bancos de dados durante esse período. Acho que não podemos dar os melhores conselhos sem mais contexto.
No momento, eu criaria um quarto banco de dados para usuários, faria alterações apenas lá e sincronizaria com os outros bancos de dados. Você já está distribuído, não normalizado, alterando essencialmente os mesmos dados em três locais e provavelmente já tem problemas de consistência. Se a tolerância a falhas é importante, esse esquema ainda fornece isso ao resolver o problema de entradas múltiplas.
Eu acho que ter esse quarto banco de dados somente de usuário / configurações, em vez de usar um dos já existentes, é uma boa estratégia, pois é menos provável que ocorra, pois não está vinculado a outros recursos ou é muito usado. Vejo agora que você disse que não pode fazer isso, mas não sei por que. Os aplicativos no banco de dados principal suportam a edição do usuário diretamente ou a edição do usuário é uma função completamente separada que pode ser apontada em outro lugar?
É verdade que, com essa idéia da "tabela de usuário canônica" - seja você usar sinônimos ou sincronizar os dados - você não pode modificar usuários durante um banco de dados inativo, mas isso me parece aceitável. Corrija o problema e traga-o à tona! Uma fonte, um lugar para editar, uma coisa para corrigir, se quebrada. Com a sincronização, todos os outros bancos de dados têm cópias temporárias das quais podem trabalhar, mas sem edição. Minimizar a duplicação de dados nos sistemas é um objetivo excelente e útil. É um problema sério inserir os mesmos dados em três locais; faça o que puder para eliminar isso.
Para tratar mais de seus comentários, se seus IDs de usuário forem diferentes em todos os seus aplicativos, considere seriamente um tempo de inatividade planejado para que seus dois novos bancos de dados os sincronizem com o principal (faça uma pergunta separada se precisar de ideias sobre como fazer isso, o que é complicado, mas não tão difícil assim).
Se você analisar as necessidades da sua empresa e achar que o banco de dados principal deve ter os dados do usuário, você ainda os usa como canônico e, em seguida, escolha entre sinônimos ou sincronização para resolver como os períodos de inatividade não planejados afetam todos os bancos de dados.
Um golpe adicional ao uso de sinônimos é que você não seria mais capaz de ter FKs adequados para os usuários em cada banco de dados.