Marquei de Phil Fator post Normalização e 'Anima notitia copia' hoje como resume bem o caso a favor e contra normalizar certos tipos de dados. Execute a seguinte consulta em uma instância SQL e veja se você concorda.
SELECT * FROM sys.syslanguages
O SQL permite criar bancos de dados relacionais. No entanto, mesmo que cheire mal, não é crime fazer coisas terrivelmente não relacionais com um banco de dados SQL apenas pelo tempo necessário e você pode perceber a diferença; não apenas isso, mas também apenas se você estiver ciente dos riscos e implicações.
Você mencionou que o arquivo XML contém "informações adicionais sobre os dados". Existe algum benefício em modelar esses metadados em um banco de dados relacional, talvez para fins de interrogatório? Nesse caso, pode haver um caso para extrair os dados relevantes e persistir o XML restante como um tipo de documento XML.
... se você recebeu uma string JSON ou XML e é necessário armazená-la em um banco de dados, tudo o que você precisa fazer é se perguntar, em sua função como Anima notitia copia (Alma do banco de dados) 'tenho alguma interesse no conteúdo deste item de informação? '. Se a resposta for 'Não!' Ou 'nequequam! Então é um valor atômico, por mais complexo que seja.
O argumento de Phil Factor é que os campos não relacionais em um banco de dados relacional são perfeitamente aceitáveis se o campo for tratado como atômico, isto é, ele não muda, ou quando o campo inteiro muda, não faz parte dele. A extensão natural disso é que, se o seu documento contiver elementos nos quais você tem interesse, pode ser útil aplicar um modelo relacional a esses elementos.
Relevante para a pergunta, mas principalmente para a fraseologia, uma última citação de Phil:
Naturalmente, nunca criei conscientemente um banco de dados que o Codd teria desaprovado, mas nas bordas existem interfaces e feeds de dados que escrevi que causaram ataques sibilantes entre os fundamentalistas da Normalização.
Não todos nós!