Você não precisa alterar a opção todas as vezes. Se você alterar a seleção em Ferramentas> Opções> Pesquisador de objetos> Script, ela deverá persistir.
Quanto ao porquê de não indexar scripts é o padrão, não faço ideia. Não é uma ótima pergunta para seus colegas; se você realmente quer um plano de fundo, procure alguém da equipe do SSMS e compre uma cerveja para eles - talvez eles possam compartilhá-lo. Você também pode enviar uma sugestão no fórum de comentários do SQL Server (se ainda não existir), e eles possivelmente lhe dirão por que esse é o padrão e / ou por que eles não serão alterados.