Eu usei essa abordagem e tema fornecidos aqui, funcionou para mim no SSMS 2008:
Embeleze seu Management Studio 2005/2008
Para instalar, basta fazer backup da sua chave de registro [HKEY_CURRENT_USER \ Software \ Microsoft \ Microsoft SQL Server \ 100 \ Tools \ Shell \ FontAndColors {A27B4E24-A735-4D1D-B8E7-9716E1E3D8E0}] e carregar neste novo conjunto (isenção padrão de ser cuidado com seu registro, saiba o que está fazendo, não me culpe, etc). Você pode reiniciar o SSMS ou acessar Ferramentas, Opções, Ambientes, Fontes e Cores e simplesmente clicar em OK.
Há também um comentário que fornece o local do registro adequado para alterar o tema no SSMS 2012, que parece diferir apenas pelo número da versão.