O que é o Percona?
Como ele difere do MySQL?
Quando devemos considerar mudar (ou atualizar) o MySQL para Percona?
Para adicionar algumas especificidades em nossa situação, usamos quase exclusivamente o InnoDB (que eu entendo que a Percona otimizou bastante) com extensas restrições de chave estrangeira e alguns procedimentos armazenados.
O que estamos descobrindo no momento é que o MySQL está otimizando mal nossas consultas e, portanto, qualquer consulta que ultrapasse 3-4 junções, precisamos criar explicitamente com junções STRAIGHT para melhorar o desempenho.