Embora a segurança através da obscuridade não seja uma segurança real, não direi que não há casos em que isso ajude.
Se um invasor quiser saber onde seu serviço está ouvindo, ele poderá descobrir com facilidade, mas, no caso de um ataque automático idiota, você poderá ter sorte se alterar a porta.
A única vez em que me lembro onde ele realmente ajudou foi durante o SQL Slammer, onde o SQL Server 2000 estava vulnerável e um worm se espalhou, gerando IPs aleatórios e conectando-se à porta do navegador padrão do SQL Server.
Se bem me lembro, era um conselho oficial na época alterar as portas até que você pudesse corrigir o servidor (ou porque não havia um patch disponível imediatamente ou porque você não tinha uma janela)
Para que o worm entre na sua rede no momento em que você precisa ter um SQL Server conectado à Internet em vez de atrás de um firewall, o que você não deveria, mas de qualquer forma, um número de porta não padrão poderia ter ajudado nesse caso específico.
No entanto, concordo que, se você tiver uma segurança adequada, a complexidade adicionada provavelmente não supera as chances de impedir um incidente.