Sim, você absolutamente PODE se conectar a uma instância do SQL Server 2000 usando o SSMS 2012 como cliente. Faço isso todos os dias, pois ainda tenho 5 instâncias do SQL Server 2000 em meu ambiente que eu gerencio. No entanto, lembre-se de que o SSMS apresentará algumas opções com base nas funções disponíveis na versão do SSMS que você está usando, e talvez você não consiga executar essas funções no SSMS devido a diferenças nos comandos entre as versões.
E há algumas coisas que o SQL 2k simplesmente não gosta de vir do SSMS. Por exemplo, se você usar a GUI para gerenciar permissões para uma função de banco de dados, esteja preparado para o SSMS travar em algumas circunstâncias. Por esse motivo, é sempre uma boa idéia manter uma cópia do SQL 2000 Enterprise Manager à mão em algum lugar.