O SQL Agent não é considerado "classe corporativa" como um agendador de tarefas. Falta muita funcionalidade que você acaba tendo que construir por conta própria. Um exemplo disso seria dependências. Como resultado, você é forçado a colocar a maior parte dessa lógica nos pacotes SSIS. Não é necessariamente uma coisa ruim ... apenas uma dor para construir e gerenciar a si mesmo.
Portanto, essa é a minha resposta, crie um pacote SSIS e use alguns comandos t-sql para chamar os trabalhos do SQL Agent conforme desejado. Certifique-se de ter seus requisitos e cenários claramente definidos. Você pode não querer que vários trabalhos atinjam as mesmas tabelas ao mesmo tempo, por exemplo.
HTH