Não sei dizer se essa é uma prática comum. Eu posso dizer sobre minha própria experiência.
Eu sempre uso a melhor ferramenta para o trabalho, então eu misturo motores o tempo todo. A maioria dos meus projetos usa o MyISAM como o mecanismo padrão.
Quando preciso de recursos especiais disponíveis apenas no InnoDB, vou em frente.
Quando uma tabela é principalmente somente leitura, escolho o mecanismo de arquivamento antes de poder piscar.
Sabendo que o servidor da máquina possui memória suficiente, todos os meus dados temporários são armazenados nas tabelas Heap.
Vi no passado algumas lentidões misturando MyISAM e InnoDB, mas este não é um problema específico do MySQL. É um problema de design que não aparece quando você usa apenas um mecanismo. Na verdade, usar o mecanismo errado causa mais lentidão, não importa se é apenas o MyISAM, apenas o InnoDB ou uma mistura dos dois. É difícil definir uma fórmula para saber quando a desaceleração aconteceria. Apenas testes reais podem dizer isso para você.
Obviamente, você não poderia preservar a integridade e a consistência misturando o InnoDB e o MyISAM em uma consulta exclusiva.
Is there anything wrong with running a dedicated server where both types of storage engines exist?
Talvez reformular paraMultiple types
?