Você pode simplesmente instalar uma nova instância nomeada e as duas instâncias podem viver lado a lado sem nenhum risco - apenas certifique-se de que as sequências de conexões etc. estejam claras e corretas (muitos problemas surgem da conexão LOCALHOST
quando você pretendia se conectar para LOCALHOST\OtherInstance
).
Dependendo dos recursos, você pode querer limitar os dois servidores usando a opção de configuração de memória máxima do servidor, ou talvez apenas executando uma instância por vez. Presumo que isso esteja no seu ambiente de desenvolvimento local.
Sugiro abandonar a versão 2008 R2 das ferramentas do cliente e usar a versão 2012 de forma consistente. Tem uma funcionalidade muito melhor e pode gerenciar as duas versões sem problemas.